Aylmer đã đặt căn cứ tại Belfast, Bắc Ireland và phục vụ tuần túy cùng Đội hộ tống 5 khi tham gia các chiến dịch Đại Tây Dương trong tháng 5, 1944, Chiến dịch Neptune (cuộc đổ bộ Normandy) vào tháng 6, Chiến dịch Goodwood tại biển Barents vào tháng 8, cùng các chuyến hộ tống tại Naples thuộc Địa Trung Hải trong tháng 9.[1]

Trong khuôn khổ Chiến dịch Goodwood với ý định tiêu diệt thiết giáp hạm Đức Tirpitz đang ẩn náu trong vũng biển Altafjord, Na Uy, các tàu sân bay hộ tống Trumpeter (D09) và Nabob (D77), được Aylmer hộ tống, đã được phái đến biển Barents. Vào ngày 22 tháng 8, Nabob trúng ngư lôi, và chỉ mười phút sau đến phiên tàu khu trục hộ tống Bickerton, lúc này dưới quyền chỉ huy của Trung tá Hải quân Donald MacIntyre kiêm nhiệm Tư lệnh Đội hộ tống 5; cả hai cuộc tấn công đều xuất phát từ tàu ngầm U-354, sử dụng kiểu ngư lôi dò âm G7es (T5).[10] Nabob tiếp tục di chuyển được bằng chính hệ thống động lực của mình với tốc độ trung bình 10 kn (19 km/h), và được hộ tống rút lui về Rosyth.[Note 2] Sau khi những nỗ lực nhằm cứu Bickerton được xem là quá mạo hiểm, nó bị tàu khu trục HMS Vigilant phóng ba quả ngư lôi đánh chìm, và Trung tá MacIntyre sau đó chuyển cờ hiệu của mình sang Aylmer.[1]

Vào ngày 26 tháng 1, 1945, Aylmer phối hợp với các tàu chị em Bentinck (K314), Calder (K349) và Manners (K568) trong hoạt động truy tìm và đánh chìm tàu ngầm U-1051 trong vùng biển Ireland về phía Nam ở tọa độ 53°39′B 05°23′T / 53,65°B 5,383°T / 53.650; -5.383; toàn bộ 47 thành viên thủy thủ đoàn của U-1051 đều tử trận. Trong quá trình tấn công U-1051 bị buộc phải nổi lên mặt nước, và sau khi cả bốn chiếc frigate nả pháo 3 in (76 mm)/50 caliber vào đối thủ không có hiệu quả, Aylmer dưới quyền chỉ huy của Trung tá B. W. Taylor đã chủ động húc để đánh chìm U-1051, cho dù phương thức tấn công này không được Bộ Hải quân Anh khuyến khích trừ trường hợp rất khẩn cấp.[11][1][12]

Với mũi tàu bị hư hại sau cú húc, Aylmer được HMS Bligh và HMS Tyler hộ tống đi đến Holyhead, Wales để sửa chữa. Tuy nhiên do xưởng tàu tại đây quá nhỏ không có đủ khả năng, nó tiếp tục đi đến đến Liverpool. Khi công việc hoàn tất vào đầu tháng 4, nó quay lại tiếp nối vai trò soái hạm của Đội hộ tống 5. Nó đang có mặt tại cảng nhà Belfast vào ngày 8 tháng 5 khi chiến tranh kết thúc tại châu Âu, và đến ngày 10 tháng 5, nó được phái đến Loch Alsh, Scotland để hỗ trợ hoạt động bắt giữ thủy thủ đoàn các tàu ngầm U-boat.

Aylmer được chính thức hoàn trả cho Hoa Kỳ tại Xưởng hải quân New York vào ngày 5 tháng 11, 1945, nhằm giảm bớt chi phí mà Anh phải trả cho Hoa Kỳ trong Chương trình Cho thuê-Cho mượn (Lend-Lease). Con tàu được rút tên khỏi danh sách Đăng bạ Hải quân Hoa Kỳ vào ngày 19 tháng 12, 1945, rồi được bán cho John J. Witto tại Staten Island, New York vào ngày 9 tháng 6, 1947 để tháo dỡ.[1][2]